Dzięki zastosowaniu przez terapeutę tzw. bilateralnej stymulacji (wodzenie wzrokiem za dłonią, sygnały dotykowe, dźwiękowe), terapia pomaga mózgowi przetworzyć trudne wspomnienia, co w konsekwencji ma służyć przywróceniu równowagi w codziennym funkcjonowaniu. Podczas terapii EMDR pracuje się zarówno z silnymi emocjami, jak i negatywnymi przekonaniami oraz reakcjami z ciała.
Celem terapii EMDR jest zmniejszenie subiektywnego poczucia dystresu, którego doświadcza osoba w związku z traumatycznym wydarzeniem, oraz wzmocnienie procesów poznawczych, które będą miały dla niej charakter adaptacyjny.
EMDR jest stosowana w terapii różnego rodzaju problemów, zaburzeń, uzależnień i stanów depresyjnych oraz lękowych. Ponadto, terapię EMDR wykorzystuje się także w obszarze interwencji kryzysowej oraz w pracy z bólem przewlekłym i fantomowym. EMDR można stosować samodzielnie lub w połączeniu z innymi technikami psychoterapeutycznymi i lekami.